EkoFond v rámci svojich aktivít zameraných na cieľovú skupinu školy, poskytuje finančné príspevky, ktorých rozsah, podmienky pridelenia a kritéria vyhodnotenia sú podrobne spracované a zverejnené formou výzvy vždy pred začatím programu. Naše programy:

• Program 01/2008 - Kogenerácia a trigenerácia na báze zemného plynu
• Program 02/2011 - Zlepšenie energetickej hospodárnosti budov
• Program 03/2011 - Podpora inštalácie plynových tepelných čerpadiel
• Program 04/2011 - Výskum, vývoj a zavádzanie nových progresívnych technológií na báze zemného plynu
• Program 05/2011 - Podpora rozvoja využitia alternatívneho motorového paliva CNG

EkoFond v roku 2008 spustil viacročný projekt EkoFond pre školy, v rámci ktorého realizuje aktivity pre základné i stredné školy:

Už štvrtý rok po sebe EkoFond vyhlásil súťaž pre základné školy, tentokrát na tému “Energia v našej škole”, do ktorej sa môžu zapojiť učiteľia a žiaci II.stupňa ZŠ so svojim vzdelávacím projektom a vyhrať tak lákavé ceny pre seba i školu.

Spolu so súťažou spustil EkoFond Multimediálnu online platformu o energii 3. tisícročia, kde sa nachádza množstvo nápadov pre učiteľov na projektové i klasické vyučovanie na tému šetrenia energie.

Žiaci a učitelia druhého stupňa základných škôl, ale aj pre stredných škôl sa môžu s podporou EkoFondu prihlásiť a bezplatne zúčastniť novej putovnej výstavy o energii "Energia 3. tisícročia". Jej témou sú neobnoviteľné a obnoviteľné zdroje energie, úspory energie a klimatické zmeny.

Pre najmenších žiakov sú na stránke fondu pripravené interaktívne webové hry vo viacerých jazykoch, ktoré nielen poradia deťom ako šetrne zaobchádzať s energiou, ale aj poslúžia pedagógom ako učebná pomôcka. Vďaka rôznym jazykovým mutáciám ich možno využiť aj pri výučbe cudzích jazykov.

V rámci spolupráce so strednými školami EkoFond pripravil nový študijný odbor „Technik energetických zariadení budov“, ktorého študenti budú mať nielen prístup k najnovším informáciám v oblasti energetiky a obnoviteľných zdrojov energie, ale budú mať k dispozícii aj zmodernizované dielne praktického vyučovania obsahujúce inovatívne technológie.  Uvedený študijný odbor sa začal vyučovať od 1.9.2010 na vybraných troch stredných odborných školách v Trnave, Banskej Bystrici a v Prešove.