Samotný rozhodovací proces je trojstupňový. Prvotné hodnotenie kompletnosti a oprávnenosti predložených žiadostí realizuje EkoFond n.f.. Žiadosti s neúplnými údajmi a prílohami budú z hodnotiaceho procesu pre dané kolo vyradené – žiadatelia budú vyzvaní na doplnenie chýbajúcich dokumentov a údajov.

V ďalšej fáze hodnotí projekt Poradný výbor a následne, na základe jeho hodnotenia a odporúčania,  Správna rada EkoFondu, n.f. rozhodne, ktoré žiadosti podporí.  Proces je zadefinovaný tak, aby sa predišlo subjektívnemu posudzovaniu žiadostí.

A. Pri posudzovaní kompletnosti a oprávnenosti žiadosti sú hodnotené:

Základné formálne podmienky	Doklad	Spôsob hodnotenia
Žiadosť/projekt spĺňa obsahový zámer programu.	Formulár žiadosti	Spĺňa/nespĺňa
Uchádzač spĺňa definované kritériá pre určenie cieľovej skupiny podprogramu.	Výpis z registra/preukaz totožnosti/prehlásenie o nepodnikaní	Spĺňa/nespĺňa
Žiadosť o finančný príspevok vrátane predloženého projektu je v súlade s predpísanou štruktúrou, vrátane všetkých povinných príloh.	Žiadosť i finančný príspevok a prílohy	Spĺňa/nespĺňa
Ak je žiadateľ odberateľom zemného plynu, musí predložiť doklad o tom, že má vyrovnané záväzky voči prevádzkovateľovi prepravnej a distribučnej siete, ako aj voči svojmu dodávateľovi zemného plynu (pokiaľ má s niektorým z vyššie uvedených subjetov dohodnutý splátkový kalendár, musí zdokladovať jeho riadne plnenie).	Čestné prehlásenie, že žiadateľ nemá voči prevádzkovateľovi prepravnej a distribučnej siete ako aj voči dodávateľovi ZP záväzky	Spĺňa/nespĺňa
Plánovaná kogeneračná jednotka by mala byť na báze zemného plynu.	Čestné prehlásenie, v ktorom sa žiadateľ zaviaže, že bude odberateľom zemného plynu (resp. kogeneračná jednotka bude na zemný plyn)	Spĺňa/nespĺňa
Súčasťou dokumentácie musí byť Technicko - ekonomická štúdia vrátane prepočtu - porovnanie spotreby energie na pokrytie rovnakých energetických potrieb pri kombinovanej výrobe elektriny a tepla, príp. elektriny, tepla a chladu, pri uvažovaní výroby z rovnakého paliva, hodnotenie podľa smernice 2004/8/ES	Technicko-ekonomická štúdia	Spĺňa/nespĺňa
Žiadateľ predložil technický realizačný projekt potvrdený autorizovanými osobami*: - pri podprogramoch A/B potvrdenie z oblasti vykurovania, plynoinštalácie,elektroinštalácie - pri podprograme C aj potvrdenie z oblasti vzduchotechniky	projekt	Spĺňa/nespĺňa

 *Projekt musí byť spracovaný oprávnenými osobami (musí obsahovať okrúhle pečiatky od osôb oprávnených robiť takýto typ posudkov).  Projektová dokumentácia musí byť spracovaná oprávnenou osobou podľa zákona 138/1992 Z.z. z niektorej z nasledujúcich oblastí:

- Vykurovacie a klimatizačné zariadenia  5-2
- Elektrotechnické zariadenia  5-3
- Tepelné zariadenia   5-4
- Plynové zariadenia  5-5
- Inžinier pre technické, technologické a energetické vybavenie stavieb  I - 4

B. Podľa informácií uvedených v žiadosti a v priloženom projekte jednotliví členovia Poradného výboru priraďujú body jednotlivým hodnotiacim kritériám.

Hodnotiace kritériá, na základe ktorých budú hodnotené jednotlivé žiadosti:

   1.Obsahová kvalita predkladaného projektu

      a.    Zrozumiteľnosť
      b.    Konkrétnosť
      c.    Reálnosť rozpočtu

   2.Technické a ekonomické údaje o projekte

      a.    Predpokladaná návratnosť
      b.    Ročná prevádzková využiteľnosť (počet prevádzkových hodín za rok)
      c.     Posúdenie komplexnosti energetickej hospodárnosti projektu (začlenenie kogenerácie do systému, kombinácie energií a pod.)

C. Výsledkom zasadnutia Poradného výboru je zoznam žiadostí usporiadaný podľa súčtu bodového ohodnotenia vopred určených kritérií jednotlivými členmi Poradného výboru, spolu s vyjadrením odporučenia/neodporučenia schválenia žiadosti. Definitívne rozhodnutie o podpore, resp. zamietnutí žiadosti  vykoná Správna rada EkoFondu, n.f. Správna rada berie pri konečnom rozhodnutí do úvahy aj spoločenský prospech projektu a to najmä mieru využitia budovy na verejnoprospešný účel, prínos budovy pre cieľovú skupinu a regionálne hľadisko. Proces je zadefinovaný tak, aby sa predišlo subjektívnemu posudzovaniu žiadosti.